El sistema endócrino regula y coordina las diversas funciones del organismo, por medio de las hormonas que las glándulas vierten al torrente sanguíneo.
La participación glandular en el fenómeno de los niveles de conciencia está regulada desde el hipotálamo (neuro-glándula), localización encefálica del centro vegetativo.
Éste actúa indirectamente vía hipófisis y en casos tales como los de alerta o emergencia, prescinde de ésta, enviando impulsos eferentes directamente a las glándulas comprometidas en la elaboración de respuestas requeridas por la situación en el medio.
El caso más significativo es el doble circuito de seguridad que establece con las glándulas suprarrenales en la secreción de adrenalina.
Como secundarios aparecen en el circuito la tiroides (tiroxina) y las gónadas.
Esta relación con el sistema hormonal nos va a interesar en cuanto a su participación en la actividad encefálica determinante de los niveles de conciencia.
Consideramos entonces aquellas sustancias que actúan de un modo directo sobre las distintas estructuras encefálicas y/o la capacidad de transmisión de impulsos de las fibras conectivas.
Atendiendo a estas sustancias en su acción como mediadores sinápticos, y su grado de concentración en las distintas estructuras encefálicas obtenemos otro punto de vista.
Las modificaciones en el equilibrio sodio/potasio, el nivel de azúcar en la sangre (insulina), el metabolismo del calcio y las secreciones tiroidea y paratiroidea entre otras, aparecen como realimentadores químicos de mayor importancia en la dinámica de los niveles de conciencia.
La caída de la glucosa, del calcio, del potasio y el agotamiento de la presencia de adrenalina, están todos relacionados con marcados desequilibrios funcionales dentro de cada nivel, y en casos extremos producen estrés mental y emotivo.
En contraste, su metabolismo equilibrado va a corresponder también a una adecuada integración del trabajo de cada nivel.
Por otra parte, y como aspectos secundarios, se observa que a cualquier incremento de la presión sanguínea corresponde una mayor excitabilidad de la formación reticular y consecuentemente su función activadora.
Simultáneamente, concomitan también el aumento de nivel (activación reticular y encefálica general) y el concurso de oxígeno, que resulta máximo en el momento del despertar.